Ich würde die virtuelle Maschine mit Boardmitteln herunterfahren (cron, gnome-schedule oder ähnliches) und die Synology über den Energiezeitplan schedulen. Wenn Du die Zeiten richtig planst (also die VM ein, zwei Minuten vor der Syno) sollte das in meinen Augen die beste und sauberste Lösung sein.