Wo bist du denn genau gescheitert?
Wenn dein neues OS bereits sauber als Chroot auf dem Hostsystem läuft, dann must du nur noch sehr wenige Dinge tun:
Ins Chroot gehen
Basis Config Files und Bootscripts überprüfen bzw. anpassen so weit wie notwendig
/etc/fstab einrichten
Kernel bauen, anpassen...