Hi Jan,
prüfe bitte, dass Dein Befehl wirklich korrekt ist:
synoindex -a %file%
sollte eigentlich funktionieren, zumindest bei einer Standardinstallation.
Wenn nicht, wäre es interessant zu wissen, ob es aus der Konsole heraus klappt.
Sorry, ich komme erstmal nicht dazu, das zu testen...