Tja, eine gute Frage!. Ich würde folgendes machen: Erstmal 18.09 lassen.
Und dann deine bisherigen Ordner in Docker (also restore, backup, scaninput, /docker/ecodms_data mit den richtigen Mount-Pfaden verknüpfen /srv/data etc. Dann starten, dann sehen, was passiert. Dann ein Backup anstoßen...