Ich würde zuerst kontrollieren, welche Version id3-Tag Du bei den funtionierenden mp3 verwendest hast (siehst Du in mp3tag in der Spalte "Tags", z.B. ID3v1 ID3v2.3).
Danach kannst Du mit den mp3 vergleichen, deren Cover nicht dargestellt werden.
Wenn die identisch sind, würde ich mal ein nicht...