Vielen Dank für die Rückmeldungen!
Es scheint tatsächlich daran zu liegen, dass die Einträge, die nicht als root laufen sollen, beim Reboot gelöscht werden. Ich habe es jetzt einfach so gelöst, dass ich den Cronjob als root starte, aber im Command habe ich dann ja stehen, dass der Befehl als...