Hab mal alle grossen Log-Files geleert und siehe da, alles läuft wieder. Sehr eigenartig, dass man da nirgendwo gewarnt wird, aber Hauptsache es geht wieder. In der Tat war das JDownloader logfile mitunter das grösste File.
Vielen, vielen Dank für die Hilfe :-D! Dachte schon ich müsste alles...