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Wenn die Datei schon gespeichert ist und die Sicherung noch nicht durchgekommen ist, dann wird sie einfach die aktuellste gespeicherte Version sichern. Wenn du die Datei änderst nachdem die Sicherung durch ist hast du logischerweise nur den Vorgänger im Backup.
Problematisch könnte es höchstens werden wenn du gerade dabei bist die Datei auf der Konsole zu bearbeiten/speichern und die Sicherung durchkommt. Könnte sein, dass die Datei dann übersprungen und eventuell im Ziel (Backup) entfernt würde.
Oder die Sicherung einfach abbricht wie bei mir und dann ein volles backup macht, beim nächsten Mal Blöd wenn jemand automatische backups macht und dann keines gefahren wurde.