Komisch, ich hab genau das gegenteilige Problem. Bei mir Verschwindet ständig was.
Der VMM wurde aktualisiert und dessen Icon verschwand vom Desktop.
SSD-Cache wurde aktiviert und fast alles verschwand vom Desktop.
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Tipp: Kauf dir nen SSD-Cache und dein Desktop ist wieder sauber.
Ach ja: Beim Firefox 64.0.2 geht das Entfernen auch, also im Kontextmenü.