Dazu habe ich eben noch eine entdeckung gemacht: das Problem tritt tatsächlich nur in der Inbox auf!
Klassifiziert man bereits archivierte Dokumente oder zieht ein Dokument direkt ins Archiv, statt der Inbox, funktioniert das mit den Querformaten problemlos. Ich finds ja schön, dass die daran arbeiten, etwas ungut ist dabei nur, dass das Problem offenbar regelmäßig wieder auftaucht. In alten Patchnotizen von vor paar Jahren stand schon mal was von Behebung mit Problemen zu Querformaten" 
Zwecks Berechtigungen, ja das mit den Ordnern habe ich auch so verstanden und nun auch testweise umgesetzt.
Was mir noch etwas fehlt sind "Benutzergruppen". Ich kann zwar Gruppen definieren , Mitarbeiter zuweisen und Ordnerberechtigungen dafür setzen, aber die ganzen Einzelrollen (die es schon gibt, wie inbox, lesen usw) muss man jedem Benutzer einzeln zuweisen.
Etwas schade fände ich es, wenn keine mehreren Inboxen definiert werden können. Da muss quasi immer einer für alle den Sortierer machen, solange OCr nicht wirklich einwandfrei und immer funktioniert.
Oder man definiert sehr einfache, grobe aber sichere Klassifizierungsvorlagen für die Inbox zur Vorsortierung und macht dann eine zweite, welche per Hand in den jeweiligen Ordnern von den jeweiligen Personen durchgeführt werden kann. Bzw. könnte man so ie unwichtigen Dinge aus der Inbox schaffen und die wichtigen dann dort selbst sortieren.
Edit: Noch eine Frage zur Dokumentenbearbeitung
Angenommen es landen Stundenzettel im Archiv, die aber der Chef noch unterschreiben muss. Kann er die PDF z.B. daraus in einem definierbaren Programm öffnen, unterzeichnen und wieder abspeichern, so dass die alte Version mit der unterschriebenen ersetzt wird?
Oder müsste man in jedem Fall das unterzeichnete Dokument dann nochmals komplett neu importieren und als gänzlich neues Klassifizieren und abspeichern?
Edit #2: Habe ich über das Handbuch beantwortet bekommen: Man kann unter Versionierung eine neue Version selber hochladen.
Dort steht auch etwas von verschiedenen Scannerordnern, allerdings ist bei mir das "Neu" ausgegraut, vielleicht eine Einschränkung der Demo oder von Docker.
