Entweder so, oder via Docker-Container (wobei ich persönlich kein Freund davon bin und sowas auch nicht nutze). Docker ist allerdings wesentlich schlanker, als eine eigenständige VM (das war es mir bisher aber immer wert). Zudem kannst Du die VM dann auch exportieren und z.B. auf einer neuen Syno wieder importieren. Grundsätzlich - was Debian angeht - gar kein Problem, kann man alles "wie gehabt" machen
Vom Grundgerüst würde es dann vermutlich wie folgt aussehen:
- VM bekommt eine eigene IP im Netz
- bilbiothek.domäne.xy wird auf z.B. Deine DynDNS-Adresse umgeleitet, Webports werden an die Syno (nicht VM) weitergereicht (Portweiterleitung am Router)
- Syno bringt einen "ReverseProxy" mit (System zwischen Internet und eigentlichem Webserver) und beantwortert die Anfragen für "bilbiothek.domäne.xy" (Lets Encrypt ist direkt mit dabei zwecks SSL-Verschlüsselung nach aussen). Als "interner" (eigentlicher) Webserver gibst Du dann die Adresse der VM an.
Kann man aber auch erstmal ohne ReverseProxy machen... je nach gusto... ich würde sowieso sagen: erstmal loslegen und dann im Verlauf weiterschauen