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Das geht leider nicht. Es gibt nur die Chance, den Programmen mit irgendeiner Konvention zu sagen, dass sie es nicht anzeigen sollen. Bei den Linux-Kommands ist das beim ls der . (Punkt) am Anfang, aber eben auch nur beim ls. Der @ wäre sowas für den Samba-Server ...
Für den Samba sollte das auch gehen, wenn man in der Konfigurationsdatei "/usr/syno/etc/smb.conf" den Schlüssel "hide dot files=yes" für den entsprechenden Share oder in den globals einträgt. Dann bekommen ".*" Dateien das Hidden-Attribut gesetzt, so dass sie vom zugreifenden Client ausgeblendet werden.