Kann du das Gleiche mal auf der DS testen (per Root auf die Konsole aufschalten oder in der DS-Verwaltung die Prozesse überwachen).
Wenn du die Datei lokal auf dem Rechner kopierst, wäre jetzt noch interessant, ob die Datenrate dann auch einbricht.
Wäre quasi der Test, der bestätigt, dass es auf der Netzwerkseite und nicht am Rechner liegt.
Auf der DS-Seite kann die Rate natürlich immer dann zusammenbrechen, wenn du z.B. ein großes RAID angelegt hast und darauf die Volumes, die die DS anbietet.
Wenn jetzt verschiedene Dienste und Benutzer (auch nur ein popeliger Mailserver / Photostation) darauf zugreift, wird das RAID Komplett ausgebremst, da die Zugriffe ja auch für diese Dienste immer über alle Platten gehen.
Nur sollte es dann nicht dauerhaft sein.
Hier würde im zweiten Schritt dann nur ein Test helfen, bei dem du alle Dienst außer dem Fileserver deaktivierts oder sonst wie ruhig stellst und die Kopierorgie erneut testest.
Hast du die Volumes auf der DS verschlüsselt?