Portainer ist halt nur ne andere Oberfläche zum Verwalten von Containern. Das ist aber genau wie der Container Manager eine Aufbaulösung. Docker selbst kennt keine UI, sondern nur die CLI.
Aber egal, mit welchem Mittel man einen Container installiert, das Ergebnis ist immer das Gleiche. Wenn dir also Portainer zusagt, dann nutze den. Wenn nicht, den Container Manager. Ich nutze lieber den Portainer, weil mit der Container Manager zu buggy ist und zu eingeschränkt, wenn man mal etwas "Ungewöhliches" konfigurieren möchte. Fazit: Mach dir nicht zu viel Gedanken um das Wie, sondern lieber darum, den Container richtig aufzusetzen und keine Foldermappings zu vergessen.
Und schau dir den ioBroker in Docker mal an. Wenn du da merkst, dass das zu sehr eingeschränkt ist, dann installier die die VM. Ansonsten bist du gut beraten, möglichst viel in Docker und nicht nativ als Paket aufzusetzen. Grund: Leichtere Sicherung, leichtere Migration und keine proprietären Sachen von Synology, die dir im Weg stehen.