Isolation: läuft alles in abgeschlossenem Container. Ist isoliert vom NAS - wenn es mal Exploits für Emby gibt, dann kann an Angreifer nur Schaden im Container anrichten, außer er schafft es auch da auszubrechen. Du bestimmt selber wo die Emby Konfigurationsdateien liegen. Wenn man Emby irgendwann nicht mehr nutzen will, kann man es mit wenig Aufwand rückstandsfrei entsorgen.
Docker kann man nutzen, muss man aber nicht.