Mmh, ich weiß gerade nicht, wo Dein Problem ist. Wenn ich in die entsprechende
Schnellstartanleitung Deiner DS209+ schaue, wird dort korrekt beschrieben, dass die untere Festplatte die Nr.1 ist, die obere Platte die Nr.2. Auch die dort angegeben Verkabelung entspricht dieser Notation und wird in den Bildern der Anleitung auch wiedergegeben.
Auch bei Dir ist die untere Platte mit dem Spannungskabel am Port 1 links angeschlossen, die obere mit dem Port 2. Die SATA-Kabel sind zwar nicht verbunden, doch so, wie sie liegen, gehört das Kabel der unteren Platte zum Port 1 (der linke Port im rechten Bereich der Platine), das Kabel der oberen Platte zum Port 2 (der rechte SATA-Port).
Dementsprechend sollte dann die LED "Disk 1" für die erste (untere) Platte zuständig sein, die LED "Disk 2" für die zweite (obere) Platte.