Was benutzt Du denn als Hardware? Die empfohlenen Tuning Tips im Zarafa Wiki sind vermutlich suboptimal für eine Synology.
Außerdem kannst Du nicht so einfach bei einer existierenden Datenbank auf 'innodb_file_per_table' umstellen.
Hast Du den zweiten Punkt : Tuning existing Systems beachtet?
Du kannst nach der Methode im Wiki vorgehen. Mach aber auf jedenfall vorher ein Datenbank Backup.
Und da Du dann eh schon direkt ein Dump hast, löschst du danach die Datenbank komplett. Stellst dann um und spielst den Dump wieder ein.
Bei der Methode im Zarafa Wiki kann es nämlich je nach MySql Konfiguration passieren das Dir die Datenbank kaputt geht wenn Du die innoDB logfiles löschst.
Zumindest ist mir das schon einmal passiert. Deshalb würde ich auf Nummer sicher gehen.
grüße Juvi