So, vermutlich ist das Problem gefunden. Ich habe die USB HDD mit den DS-Bordmitteln neu formatiert, diesmal im ext4. Ergebnis: Erstes Backup 5 Minuten (ext4 ist also schon mal etwas schneller als NTFS, aber das war ja bekannt). ABER: Das zweite Backup direkt danach war in 3 Sekunden fertig...