Es gibt bei verschiedenen Linux Distros die Möglichkeit unter den Tastatureinstellungen, ich glaube es heißt die 3 oder fünfte Tastaturbene (das sind die zusätzlichen Tastaturzeichen auf bestimmten Tasten) die Tastaturbelegung unter anderem auch AltGr u. Strg so anzupassen daß man zb. ein @ oder auch andere benötigten Zeichen verwenden kann.
Bin grad am Handy unterwegs und kann nicht nachschauen.
Aber ich habe als VM, LinuxMint Cinamon, Ubuntu und Manjaro am Laufen. Bei diesen 3 funktioniert das. Allerdings nicht zwingend mit AltGr, es läuft zum Teil auch über String + Zusatztaste.
Aber nagle mich nicht fest wie bei welcher Distros welche Tasten im Spiel sind. Aber wenn man es festgelegt hat, dann bleibt es normal immer so.
Edit: Ob da ein Zusammenhang mit den qemu guest Tools besteht weiß ich nicht, habe die aber auf alle 3 Linux VMS installiert und auf meinem Linux Laptop worauf Linux MintCinamon installiert ist (keine VM), hat es auf diese Weise auch funktioniert.