Könnten Euch ggf die rsync Parameter -aH helfen? -a entspricht -rlptgoD und ein zusätzliches -H sorgt dafür das Hardlink Files als Links kopiert werden. Per Default kopiert rsync solche Dateien als Dateien und nicht als Links
Auf Seite 1 habe ich mein Skript, in dem die beiden Parameter enthalten sind. Bei mir sind ja mittlerweile die Symlinks das Problem (das ja eigentlich auch mittels -l (in -a enthalten) nicht auftreten dürfte.