Zu aller erst einmal solltest du versuchen, die ganzen Ordner mit den Daten aus deiner vorherigen Installation in die neue Ordnerstruktur zu übertragen. Mach vielleicht vorher ein Back-up mit Hyper Backup, wenn irgendetwas schief läuft, kannst du es dann ganz normal wieder einspielen.
Zu dem anderen Thema ist es so, dass sowohl Paperless einen Exporter anbietet (der dann die originalen Dokumente, die archivierten Versionen, wenn vorhanden und die Thumnails exportiert) als auch die PostgreSQL-Datenbank per Befehl gesichert werden kann, eben pgdump. Das war bei mir beispielsweise notwendig, weil ich irgendwann die Version der Datenbank auf 15 aktualisieren wollte, da reicht es allerdings nicht, einfach die ganzen Ordner wieder zu kopieren, weil es dann zu einem Fehler innerhalb der Datenbank kommt. Hier muss man dann die Datenbank stoppen, aktualisieren und dieses Datenbank-Backup wieder einspielen.