Moinsen,
wenn es dir lediglich um die Filterfunktion (DNS basiert) geht, dann sollte das klappen. Eben mit der Einschränkung, dass dein Pihole NICHT als DHCP Server im Gastnetz dient. Dafür dann weiter die Fritzbox nutzen...
Anders AFAIK nicht möglich, wenn dein Pihole nicht im selben Netzwerksegment ist bzw. dein Router nicht über Netzwerksegemente hinaus routen kann (was die FB eben nicht kann), da müsstest du dann dein Heimnetz umbauen mit der Einrichtung diverser Segmente und Hardware, die das dann auch routen kann...kostet aber (neuer Router, ggf. switch mit Layer 3 Funktion, der dann statt FB die Anfragen routet).