Sofern Du jetzt nur die neusten Daten übertragen hast, würd ich die defekten Platten rausnehmen, die beiden neuen in die Slots packen, wo vorher die defekten drin waren, das Backup (welches bei Deinen Eltern liegt) wieder einspielen, entsprechende Updates nachinstallieren und die grade noch gesicherten Daten wieder rüberschubsen. Nachträgliche Änderungen (seit dem Backup, welches bei Deinen Eltern liegt) müsstest Du dann noch entsprechend nachholen.
Alternativ kannst Du jetzt - wo definitiv die alle Daten gesichert sind - auch nochmal versuchen ein komplettes Backup von der Syno (mit beiden HDDs drin) zu fahren, damits beim Restore einfacher wird. Kann aber auch gut sein, dass das fehlschlägt, oder währenddessen eine HDD abraucht oder so... Also kurzum: entweder doch nochmal alles vollautomatisch versuchen, oder eben manuell gradebiegen.