Es hat auch niemand behauptet, dass Du alles 1:1 so machen sollst, wie dort beschrieben... Es wird eben erwähnt, dass der Ordner "MailPlus shared folder" synchronisiert werden soll, was Du natürlich nicht machen "musst". Es ist ebenso möglich, diesen eben ins lokale Backup mit einzubeziehen, wie Du übrigens schon ganz richtig weiter oben angemerkt hast... Dazu noch die Config und alles ist gut. Da ich Mailplus nicht nutze, kann ich ohne weitere Informationen natürlich nur begrenzt helfen. Hilfreich wäre aber, wenn Du mir mal verraten könntest, was sich so im Ordner Mailplus befindet, denn da sollten - meinem Verständnis nach - die eigentlich Mails liegen. Fraglich ist da nur in welchem Format. Wenn Du etwas in der Art "pro Mail existiert eine Datei" ausmachen kannst, kann man schon davon ausgehen, dass ein zurückspielen einer dieser besagten Dateien einer granularen Wiederherstellung gleich kommt. Solllte sich so etwas NICHT darin befinden, wird man es wohl oder übel über ein Testbackup testen müssen. Das ist aber genau das, was ich Dir auch schon vorher gesagt habe.
Also: leg los!
-> Selbst eine Testmail zukommen lassen (für die Löschung und Wiederherstellung).
-> Testbackup in lokale Freigabe machen (MailPlus-Ordner+Anwendung als solches)
Wenn das Backup durch ist:
-> "Testmail" im Postfach löschen
-> Wiederherstellung anwerfen und schauen, ob man einzelne Mails wiederherstellen kann, wenn ja, Problem erledigt
-> Falls nicht (und pro Mail eine Datei existiert) : Besagte Datei mit entsprechender Testmail zurück in den Ordner schieben und via Mailclient nochmal des Postfaches checken. Mitunter ist ein Neustart des Maildienstes von Nöten (sollte aber theoretisch nicht). Danach eventuell noch Rechte anpassen (schau sie Dir vorher mal an und gleich dann - wenn notwendig - ab).
EDIT: Wenn das alles nicht hinhaut, ist wohl eher nix mit granularer Wiederherstellung. Du könntest aber hingehen und einfach mit einem Relay arbeiten bzw. die Mails beim Hoster aufschlagen lassen und dort via POP3 abholen und mitunter eben erst ein paar Tage später dort löschen lassen. So hättest Du zumindestens dort noch immer die Mails der letzten paar Tage liegen, falls Dir da mal etwas anhanden kommen sollte. Die Sache mit dem Relay (Senden) würde mitunter auch die Problematik mit den MX-Records usw. erledigen.