Ok, von hoch- und runterladen hast du anfänglich nichts geschrieben.
Hochladen vom Phone auf die DS geht aber auch ordnerweise. Guck mal in die Hilfe zu DS File.
Das Herunterladen scheint tatsächlich nur für jeweils eine Datei zu gehen.
Wenn du das häufig benötigst, dann kannst du das ja auch mit anderen Apps machen die WebDAV unterstützen. Z.B. ES Datei Explorer, damit kann man auch ganze Ordner verschieben/kopieren.