Als ich noch FritzBox-Nutzer war, hat diese Priorisierung auch nicht zuverlässig funktioniert. Ich habe da einiges probiert und am Ende haben Cloud-Dienste wie zum Beispiel CrashPlan auf der DS trotzdem die VoIP-Telefonie lahm gelegt.
Seit einem knappen Jahr bin ich nun mit einem deutlich günstigeren Router mit DD-WRT unterwegs und habe darin das QoS konfiguriert und nun klappt alles tadellos. Die Konfiguration ist natürlich lange nicht so leicht verständlich, wie auf der FritzBox, aber vielleicht ist das auch das Problem. Falls Du einen Zwangsrouter Deines ISP's oder VoIP direkt über die Fritz Box erledigst, ist das natürlich keine Alternative.
Ein Tipp, der vielleicht einen Versuch wert ist: Bei dd-wrt muss ich in den QoS-Einstellungen die tatsächliche Geschwindigkeit, abzgl. 10-15%, meiner Verbindung eingeben. Ich kann mich erinnern, dass ich in den Einstellungen der Internetverbindungen in der Fritz Box auch die Bandbreite meiner Internetverbindung eingeben musste. Möglicherweise berechnet die FritzBox Ihre Priorisierung auch auf der Grundlage dieser Werte und falls, wie das ja leider Normalität ist, eine geringere Bandbreite als verkauft bei Dir ankommt, hauen die Bandbreitenzuweisungen der FritzBox nicht mehr hin. Lange Rede... Mach doch einfach mal einen Speedtest, ziehe von den Up- und Downloadwerten jeweils 10-15% ab und setze sie bei der Übertragungsgeschwindigkeit der Internetverbindung in der Fritz Box ein. Ich kann mir zwar nicht vorstellen, das das Dein Problem löst, aber vielleicht hast Du ja Glück.
