MySQL wird spätestens dann zum Problem, wenn mehrere Kodi Clients mit unterschiedlichen Kodi Versionen auf die Datenbank zugreifen sollen, denn das ist nicht möglich wegen Inkompatibilität. So lange alle Kodi Clients stets auf der gleichen Kodi Codebasis laufen hat man zwar kein Problem, aber oft ist es ja so, dass es z.B. für LibreELEC Clients (z.B. Raspi) es bereits die neueste Kodi version gibt, während ein anderer Media Player im Haushalt noch auf einer älteren Version läuft ohne Upgrademöglichkeit. Gemeinsam kann man diese beiden Clients dann nicht mit einer MySQL Datenbank betreiben, außer man nutzt bewusst die ältere Version und bleibt dabei.Ganz zu schweigen von der doch eher unkomfortablen Verwaltung der Mediendatenbank, wie bereits von Dir beschrieben.
Es stimmt, dass Plex einen Account voraussetzt. Dieser muss aber keineswegs ein bezahlter Plex Pass Account sein. Plex bietet auch in der kostenlosen Version für die allermeisten Anwendungsfälle mehr als genug Features, der kostenlose Plex Media Server ist uneingeschränkt in seiner Funktion, von ein paar Plex Pass exklusiven 'Premium Features' mal abgesehen (die viele gar nicht brauchen). Wenn Du generell ein Problem damit hast, einen Account zu erstellen wird es natürlich schwierig, wobei Du eigentlich nur eine beliebige E-Mail Adresse angeben kannst ohne irgendwelche persönlichen Daten einzugeben. Der Account hat aber auch Vorteile, z.B. die Möglichkeit, von Überall auf das Webinterface des Plex Mediaservers zugreifen zu können (via plex.tv).
Ist sicherlich auch Geschmackssache. Am Besten probierst Du sowohl Plex als auch Emby einfach mal aus und findest die für Dich beste Lösung. Als Backend eignen sich beide Lösungen sicherlich hervorragend.
Ich bin jedenfalls mit der Kombination aus Plex und Kodi sehr zufrieden. Ein weiterer Grund für mich auf Plex zu setzen sind dabei die mobilen Apps. Ich finde die Plex eigene App (für iOS) deutlich besser gelungen als das Emby Pendant. Außerdem gibt es für iOS noch MrMC, ein Kodi Fork (gibt es übrigens auch für Amazon TV / Stick). Dieser hat die Plex Kompatibilität bereits eingebaut (sprich PlexKodiConnect ist nicht nötig), jedoch bisher noch keinen Emby Support. Auf meinem iPhone / iPad / AppleTV habe ich so quasi ein (etwas abgespecktes) Kodi, mit dem ich auf meine Plex Medienbibliothek zugreifen kann und das auch noch ohne das Transcoding nötig ist, da MrMC Kodi-typisch fast alles nativ abspielen kann. Wenn ich aber bewusst Transcoding einsetzen möchte, z.B. weil die Bandbreite gerade mau ist, dann nutze ich eben die Plex App.