Ich habe/hatte ein ähnliches Problem und konnte es anhand von diesem Thread immerhin nachvollziehen. Vielleicht helfen meine Erkenntnisse jemandem mit ähnlichen Problemen.
Hintergrund: Ich nutze Drive seit mehreren Jahren. Ich habe Vorgestern den Shared Folder von homes verschlüsseln lassen. Dabei verliert man, und das wusste ich, sämtliche File-Versionen in Drive. Mein Ordnerstruktur sieht folgendermassen aus: Im home Ordner liegen mehrere Unterordner (Archiv, Fotos, Videos, etc.) und ein Unterordner mit der Bezeichnungs Drive. Das ist derjenige Ordner, den ich mit dem Desktop-Client synchronisiere, dort wo all meine Dokumente fürs "daily Business" liegen.
Problem: Drive funktionierte nach dem Verschlüsseln nicht mehr. Das Drive war leer (im Web und der Client fand ebenfalls keine synchronisierbaren Ordner), obwohl alle Dateien immer noch in meinem home-Verzeichnis lagen.
Lösung: Neustart half nicht. Neu indexieren half nicht. Drive löschen und neu installieren. Nach der Neuinstallation funktionierte Drive wieder wie gewohnt.
Neues Problem dann: Meine DS218+ hat 2x4TB. Vor der ganzen Verschlüsselungsübung hatte ich eine Belegung von 1.45TB (Drive Index war dazumals vernachlässigbar klein, obwohl ich 32 Versionen aktiviert hatte!). Nachdem Drive nach der Neuinstallation den Index erstellt hatte, waren es dann plötzlich 2.2TB Belegung. Der Index brauchte für meine 1.45TB Daten, 700GB Index. Das war vorhin nicht der Fall. Meine Theorie: Drive hatte mit einem Update vor ein paar Monaten den Root umgestellt - früher konnte man selber festlegen, welcher Ordner innerhalb des home Verzeichnis das Drive-Verzeichnis ist. Seit besagtem Update wird das gesamte home Verzeichnis als Root für das Drive-Verzeichnis festgelegt, dies kann auch nicht geändert werden (für den Synchronisierungsvorgang kann aber nachwievor ausgewählt werden, welcher Ordner gesynced werden soll). Wer vorher schon Drive benutzte (wie ich) und einen Unterordner im home-Verzeichnis syncte (das sind bei mir vor allem Dokumente und ein paar Zips, insgesamt nur 12GB), bei dem war der Index entsprechend klein. Das Update machte dann keinen neuen Index (Bug oder Feature? Keine Ahnung.) - das habe ich weder bemerkt noch hat mich das gestört. Erst jetzt, nach dem Erstellen eines komplett neuen Index über das ganze home Verzeichnis ist mir aufgefallen, wieviel Platz das überhaupt braucht. Da ich nächtlich ein Remote-Backup mache welches bereits mit Smart Recycle rotiert, habe ich die Versionierung bei Drive abgeschaltet. Sobald ich den Haken bei "Versionskontrolle aktivieren" herausnehme und den Index neu berechne, werden die 700GB wieder freigegeben und ich bin wieder bei 1.45TB Auslastung.