Falls du den Container via Docker-UI im DSM einrichtest, musst du einfach beim Erstellen / Bearbeiten unter "Volume Settings" einmal auf hinzufügen klicken und dort einen Ordner auf der DS wählen und anschließend den Pfad angeben, in dem der Ordner im Container verfügbar sein soll.
Grundsätzlich speichert ein Container nix auf der DS und hat auch keinen Zugriff auf das Dateisystem des Hosts. Außer du mountest eben einen Ordner in den Container. Du solltest deine Installation noch mal neu machen. Wenn du nicht die Ordner für die Config-Dateien mountest, ist nach einem Update des Containers alles weg.
Damit der Container die Rechte hat, Daten auf die DS zu schreiben, musst du meist einen User mitgeben. Du kannst es auch erstmal ohne versuchen. Manche Container laufen als root. Das heißt, sie haben Rechte auf alle Mounts. Notfalls dem gemounteten Ordner auf der DS das Recht Read/Write für everyone geben.