Ja, 80 ist http und 443 ist https (jeweils ohne Portangabe). Also
https://domain.de ist gleichbedeutend mit
https://domain.de:443 (das macht der Browser von sich aus im Hintergrund)
Gehst du von intern wie extern mit QuickConnect in den mobilen Apps?
Löschen von 3306 verursacht keine Probleme, außer du hättest eine (web)anwendung außerhalb deines Netzes laufen die Zugriff auf deine mySQL Datenbanken braucht.
DS File, Finder, Audio, Video benutzen im Standard 5001 bei SSL Verbindung.
D.h. wenn du hier die QuickConnect Adresse nimmst, nimmt er dies nur für den Verbindungsaufbau und nutzt danach den direkten Zugriff via Port und muss den Traffic nicht über Synology schleußen.
Wenn du dabei bleiben willst, musst du wohl oder Übel auf 5001 bleiben, da ich denke, dass QC-ID:<port> (vermutlich) in den Apps nicht funktionieren dürfte.
Das geht denke nur via dynDNS-Hostname:<port>. In dem Fall könnte man den DSM Port auf einen nicht direkt mit Synology assoziierten Port verlegen.
In dem Fall muss man in den Apps dann immer Hostname und Port und den Haken bei https setzen.
DS Photo geht über 80/443
5006 ist webDAV und calDAV. Wenn du das nicht nutzt, brauchst du auch keine offenen Ports dazu.