Wenn du per Konsole reinkommst kannst du natürlich auch selbst schon mal auf die Suche gehen.
Nach dem einloggen auf root wechseln per sudo -i und admin passwort
Guter Anfang ist da z.B. df -lh um sich mal die Dateisystembelegung anzusehen, oder du -xhd 1 / um sich Ordnergrößen anzeigen zu lassen, in dem Fall die Ordner in der Wurzel des Dateisystems (-d 1 sorgt dafür, dass die Suche auf 1 Hierarchieebene beschränkt ist). Danach kann man sich weiter nach unten hangeln, wenn man den größten "Verbraucher" identifiziert hat, z.B. du-xhd 1 /var/log/ Logdateien sind prädestiniert für das zumüllen von Verzeichnissen und Partitionen, wenn keine passenden Gegenmaßnahmen (logrotate) getroffen wurde. JDownloader (das du nicht einsetzt) war/ist dafür eben ein Paradebeispiel.
Vollgelaufene Systempartition und Defekte an den Festplatten sind zudem die häufigsten Ursachen für die Symptome die du siehst (langsame oder nicht erreichbarer DSM, nachdem die initale Phase für die Festplatten/Volumenerstellung vorbei ist).