Schau trotzdem dort nach, ob die Versionierung nicher überlaufen ist.
Ansonsten der Sache Zeit geben, dauert mal einige Zeit, bis die Speicherkapazität freigegeben wird.
Ansonsten via SSH reingucken und schauen, welcher Ordner welche Speichergröße belegt (dazu gibt es etliche Beiträge hier im...