ja, sowas passiert, wenn man Programme zum Kopieren benutzt, die man eigentlich nicht braucht.
Diese Systemordner gibt es auch auf deiner Festplatte D, du siehst sie aber nicht, weil das Betriebssystem sie als versteckte Ordner anlegt.
Diverse Kopier- oder Sync-Programme sehen diese Ordner aber und kopieren sie auch.
Wenn solche Ordner also auf der DS auftauchen, kannst du sie löschen, solange sie nicht zu einem System-Backup gehören.