DDNS und VPN sind zunächst mal völlig unabhängig voneinander. Klar braucht VPN auch DDNS, aber es ist egal von wo aus man das Update macht. Das Ergebnis ist dasselbe.
DDNS auf dem Router hat den Vorteil, dass der wohl am ehesten weiß, wenn die externe IP sich ändern. Die DS muss ständig pollen, um das herauszufinden.
Als kostenloser DDNS-Anbieter für die DS bietet sich synology.me an, bei der Fritzbox wäre das MyFritz. Aber es gehen natürlich auch andere (DynDNS, NO-IP usw.). Zertifikate von LetsEncrypt und deren Aktualisierung sind in Zusammenhang mit MyFritz ganz gut integriert. Bei der DS ist das immer etwas Gefummel, verbunden mit weiteren Portweiterleitungen.
Bei VPN ist es halt eine Frage, wo der Tunnel enden soll - auf der Fritzbox oder per Portweiterleitung erst auf der DS.
Die CPU der Fritzbox mag, abhängig vom DS-Modell, etwas leistungsschwächer, also langsamer sein. Dafür braucht man keine Portweiterleitungen für die VPN-Ports.
VPN bis zur DS dürfte etwas leistungsstärker sein, dafür muss man aber dort wieder auf der Firewall abschotten, wohin ein VPN-Client darf. Man umschifft ja quasi die Fritzbox.
Alles in allem würde ich VPN auf der Fritzbox bevorzugen. Das ist m.E. sauberer und sicherer, da man für sein Heimnetz nur einen dedizierten Zugangspunkt hat, den man besser überwachen kann.