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Das Dilemma kann ich nachvollziehen, aber dafür gibt es eine in meinen Augen elegante Alternative. Man denkt von der Backupinstanz aus. Wenn Du die Backupmaschine die Backups steuern läßt, ist es leicht, dem Konflikt um die Backupressource vorzubeugen. Sie startet sich selbst, erledigt zunächst das erste, dann das zweite Backup und fährt sich anschließend selbst herunter. Das geht vermutlich nur mit einem eigenen rsync-Shellskript, aber vielleicht wäre das in Deinem Fall dennoch ein bedenkenswerter Ansatz.