Für Rechnungen und Aufträge brauchst Du keine unterschiedlichen Verzeichnisse. Das steckt doch schon im Dokumententyp drin.
Du solltest die Struktur möglichst flach anlegen, also nicht zu viele Ordner, Unterordner usw. Das ist ja der Sinn eines Archivsystems, dass Du nach diversen Schlagworten...