Wenn Du ansonsten keine Funktionsstörungen hast mit anderen Applikationen, wäre das sicher auch okay. Ist aber trotzdem etwas ungewöhnlich. Ich kenne solche Verschiebungen in den Hauptordner nur im Zusammenhang mit Websites, z.B. Wordpress, um damit das Applikationskürzel in der Webadresse zu vermeiden,
im Beispiel
https://........../wordpress/......... ->
https://........../.........
Es zeigt schon, dass der Hinweis mit der .htaccess zumindest in die richtige Richtung geht. Wie sieht das eigentlich mit Deinen anderen Webapplikationen aus, ist es da genauso?
In erster Linie geht es doch um die Auflösung solcher Links, hier nun den CardDAV Service, die aus den Systemvariablen generiert werden. Auf der Hauptseite von Nextcloud, unten links unter Einstellungen, wird bekanntlich der Link dann ausgegeben. Bei mir würde das zB. so aussehen:
https://domain/nextcloud/remote.php/dav/files/username/ und irgendwie scheint ..../nextcloud/.... bei Dir verloren gegangen zu sein.