Ich nutze auch ein Canon Multifunktionsgerät und habe keine Probleme.
Auf Einstellungen im Scanner würde ich auch erst einmal verzichten.
Interessant wäre es zu wissen, ob der Fehler auftritt, wenn die Vorlage ein PDF oder JPEG ist.
Gerne kann ich dir beide Files und das Ergebnis in Paperless anhängen, um auf die Ursache zu kommen. Wenn du Interesse hast, gib Bescheid.
Wenn du eine Datei hast ohne sensible Daten oder du mit dem Canon eine erstellen kannst, würde ich dein File gerne testen.
Das Problem, wie du es beschreibst, ist mir nicht bekannt.