Ist WinSCP als "admin" oder "root" verbunden?
Schon mal direkt über SSH (Putty) und als Root probiert?
War als root verbunden. Das Problem lag daran das der jdownloader am laufen war und beim beenden er diese config Datei neu geschrieben hat. Ich habe die Datei also angepasst während er deaktiviert war und dann erst gestartet. So hat es dann auch geklappt das er die neuen Einstellungen übernimmt. Danke für deine Hilfe