Die Quelle kann doch eine Sicherung machen wie sie lustig ist. Mit dem 2. Backup-Weg "holst" Du ja nur das, was sowieso schon als Sicherung (verschlüsselt/komprimiert oder nicht) auf dem 1. Backup-Ziel vorliegt (quasi eine Kopie/Sicherung des eigentlichen Backups). Es bleibt dann ja (mehr oder minder) bei "einer" Sicherung, nur wird diese dann an verschiedenen Orten gelagert und ist teils nicht zugreifbar für die Quelle. Es geht ja primär nur darum, dass die Quelle nicht an das eigene Backup kann (für den Fall der Fälle).
Grundsätzlich holt man sich weniger Probleme ins Haus, wenn etwas nicht datenbankbasiert ist, da - ganz grob formuliert - dann einfach eine Fehlerquelle/ein Dienst weniger im Spiel ist ist. Mit einem Datenbank-gestütztem Backup kann man i.d.R. auch nicht viel anfangen, wenn die DB selbst kaputt ist (auf der anderen Seite hat sowas natürlich auch Vorteile, keine Frage).
Die Frage nach einem "Programm" ist so eine Sache.. der Markt ist "ziemlich" groß und viele setzen trotz allem die gleichen Unterbauten ein (als Beispiel sei hier mal "rsync" erwähnt, ist bei Synology ja auch so). Pauschal irgendwas in den Raum werfen, wird bei diesem Thema vermutlich "niemals" richtig sein, dafür sind die Optionen einfach zu vielfältig... Ich versuche aber trotzdem mal zu antworten: Grundlegend habe ich "kaum" etwas, was so divers gesichert werden muss, bzw. repliziere (sync) ich meine "wichtigen" Daten einfach an div. Standorte und lasse dort jeweils nochmal eine lokale Sicherung laufen (Hyperbackup auf ext. HDD - in unterschiedlichen Zeitabständen - somit ist immer noch irgendwas greifbar), zusätzlich wird von einem Standort dann eben noch eine Kopie des Backups (ABB) gezogen.
Theoretisch könnte man sich auch einfach so eine Kopie einsacken:
scp -r <username>@<host>:</remote/directory/> </local/directory/>
Wobei das eine reine Kopie wäre... der Punkt ist halt einfach der, dass dies auf einem remote-System ausgeführt wird, wo die Quelle eben keinerlei Zugriffe/Rechte hat, sondern der Vorgang wird von "extern" eingeleitet. Ein weiterer Punkt ist natürlich ebenso, dass man auch nicht hingehen sollte und "ständig" das gleiche Backup überschreiben sollte. Also o.g. Befehl z.B. jede Stunde - wäre ziemlich daneben... im günstigsten Fall hat man das ganze 2x laufen aber mit unterschiedlichen Zielen (kommt aber auch immer auf die Datenmengen an), falls bei einem Job schon der Mist drin ist, hat man dann im Notfall eben noch den anderen Datenbestand (mag dann vllt etwas älter sein, aber besser so als garnicht). Andere gehen halt auch hin und legen Monatsbänder bei der Bank in ein Schliessfach... (oder den inhouse-safe). Kann man alles machen wie man lustig ist, sofern man sich "ausreichend" mit den möglichen Problemen/Folgen beschäftigt hat und - im Zweifel - auch hinter seinem Konzept steht (auch wenn es voll in die Hose gegangen ist) ?
Ist auch immer eine Frage, ob man eine "Sicherung" der Sicherung macht, oder eben nur eine Kopie, oder ggf. eine eigenständige remote-Sicherung des reinen Datenbestandes (die ganzen "Apps" wird man "so" eher nicht mitnehmen können)... alternativ könnte man die Datenbanken der Quelle vorher via Script dumpen, so dass die als sicherungsfähige Datei dann noch irgendwo mit rum liegen (so kriegt man die Datenbanken dann auch bei einer reinen Dateisicherung auch mit gesichert).
So wie ich das sehe, bist Du mit Deinen Gerätschaften aber sowieso schon recht eingeschränkt. Wie genau hast Du Dir das denn da so vorgestellt bzw. wie läuft die Sicherung bisher? Laut Deiner Signatur sind es ja 2 Synos...?