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Ne wirkliche Lösung für alles gibt es nicht. Wenn Dir der Zugriff auf die Daten nur auf den Rechnern reicht, dann schau Dir mal Boxcryptor (oder vergleichbare Tools) an.
Ansonsten Verbesserungsvorschlag an Synology, damit die das vielleicht mit aufnehmen.
Das Wiederherstellen von verschlüsselten Ordnern ist im Wiki beschrieben.
Mach aber am besten erst mal ein Backup der jeweiligen @...@-Ordner über die Konsole.
Das geht aus dem Grund nicht, weil die DS das Passwort gar nicht kennt, sondern nur den Hash davon. Und aus einem Hash kann man (wenn alles richtig gemacht wurde) kein PW wiederherstellen.
Der von IPKG läuft sowieso nicht (oder was meinst Du, warum hier dieser Aufwand mit selbst kompilieren betrieben wird...).
Und ansonsten schätze ich mal, dass Du einfach (wie angemeckert) einen Fehler in der Konfig hast.
Es geht mehr darum, dass es bei einer echten Synchronisation auch Konflikte geben kann, wo man dann auch eine GUI zum Auflösen braucht. Und bislang hat halt noch keiner sowas für die DS implementiert, während es für die üblichen Desktop-OS diverse gibt.
Der DR ist eine kostenlose Zugabe und hat auch den dazu passenden Funktionsumfang. Das ganz normale Windows-Backup reicht meistens vollkommen aus (und verwendet auch Schattenkopien).
Ich würde die beiden Aufgabenstellungen getrennt betrachten, ein hin-und-wieder Systemabbild ist was anderes als ein kontinuierliches Backup von Daten.
Systemabbild: Windows-Backup, Acronis, Ghost, ... auf externe Platte oder NAS (Cloud wird hier wahrscheinlich zu teuer / lange dauern)
Daten...